2007年「法鼓佛教研修學院」揭牌成立,中華佛學研究所已將「教學系統」移交給「法鼓佛教研修學院」,繼續創辦人聖嚴法師創所的悲願,自2007年恢復研究機構的型態,因此定訂中華佛學研究所之四大目標,作為提供全球漢傳佛學研究者重要的研究機構,持續為學術界貢獻微薄之力。